2001年9月11日，一个名为A1基地组织的伊斯兰恐怖主义网络成员劫持了四架商业客机。一架坠毁在宾夕法尼亚州的乡村，一架撞向五角大楼，还有两架撞向纽约世贸中心的双子塔。双子塔燃烧倒塌，造成约3 000人死亡，其中包括许多急救人员。作为对这些行动的回应，美国发动了一场反恐战争。它袭击了阿富汗的基地组织成员，并寻找他们的领导人奥萨马·本·拉登。此外，美国还打击并击败了支持基地组织的阿富汗统治力量塔利班。
2001年10月，人们发现装有炭疽孢子(一种通常致命的细菌疾病)的信封正在通过邮件发送。在可能接触到孢子的数千人中，有十几人感染，五人死亡。
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这些事件破坏了已经疲软的美国经济。在2001年初的衰退中，美国经济遭遇了自20世纪90年代初以来最糟糕的一年。2003年，国会通过了重要的减税法案。参见下列文章的参考书目:各州、美国主要战争和2001年初的经济遭受了自20世纪90年代初以来最艰难的一年。2003年，在布什政府的支持下，国会通过了重要的减税法案。
作为全国范围内准备和预防可能发生的恐怖袭击的努力的一部分，国土安全部成立了。2003年，布什总统警告说，伊拉克的萨达姆·侯赛因已经开发了大规模杀伤性武器，对伊拉克构成了严重而直接的威胁，下令美国武装部队入侵伊拉克。他们与英国和其他几个国家的武装力量一起，在一场为期六周的战争中推翻了侯赛因政府，这场战争被称为第二次海湾战争。然而，没有发现大规模杀伤性武器，美国军队仍留在伊拉克打击叛乱分子。18新利最新登入2004年，布什总统赢得连任。同年，布什成立了一个委员会，调查他是如何得到有关伊拉克拥有大规模杀伤性武器的不准确情报的。18luck手机登录18新利最新登入2005年，该委员会报告称，联邦情报机构收集的有关这些武器的数据不足。
2005年，卡特里娜飓风袭击了墨西哥湾沿岸。飓风是美国历史上最严重的自然灾害之一。这场飓风破坏了从路易斯安那州到佛罗里达州的沿海地区，导致1800多人死亡。新奥尔良的部分防洪堤失效。该市大部分地区被水淹没了数周。在美国几个城市，数百万人抗议2006年提出的一项加重对非法移民惩罚的法律。据专家称，大约有1200万移民非法居住在美国，其中主要来自中美洲。2006年晚些时候，布什授权在美国和墨西哥边境修建新的围栏。
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